Sau khi hiệp ước Campo Formio được ký kết giữa Napoleon với Hoàng đế Áo Francis II, Napoleon đã cử tướng Bernadotte làm thống đốc ở Friuli–Venezia Giulia và các khu vực khối Veneto theo tinh thần của hiệp ước. Ngày 17/10/1797, ông được lệnh trở về Pháp. Tháng 1/1798, Paul Barras, một trong 5 "đạo diễn" của cuộc đảo chính Fructidor, bị Napoleon nghi ngờ sẽ lật đổ nền Cộng hoà, nên vị Tổng tài Pháp đã mật cử Bernadotte làm chỉ huy trưởng quân đội Ý để hỗ trợ cho mẫu quốc[12]. Bernadotte hài lòng về công việc này nhưng chỉ ít lâu sau, Napoleon đã vận động Ngoại trưởng Pháp là Charles-Maurice de Talleyrand-Périgord (1797 - 1799) bổ nhiệm ông làm đại sứ tại Wien, thủ đô của Đế quốc Áo[13]. Ông rời khỏi nhiệm sở vào tháng 4/1797, sau khi đã diễn ra cuộc khởi nghĩa của nhân dân Áo nhằm lật đổ sự thống trị của người Pháp ở đây[14][15].

Sau khi trở về nước, ông cưới vợ là bà Desiree Clary vào tháng 8/1798 và bà này từng là vợ chưa cưới của Tổng tài Napoleon. Việc kết hôn do đó tạo ra một mức độ nào một mối quan hệ giữa gia đình Bonaparte và Bernadotte[16].

Trong tháng 11 năm đó, Bernadotte được cử chỉ huy quân đội đi trinh sát ở 1 góc trên sông Rhine. Mặc dù muốn "lấy lòng" Barras và Joseph Bonaparte (anh trai của Napoleon), ông không tham gia vào các cuộc đảo chính ngày 30 tháng Prairial[17] . Đầu tháng 7/1798, Bernadotte làm Bộ trưởng Chiến tranh Pháp và thực hiện việc cải cách quân đội Pháp một cách xuất sắc[11]. Nhưng đến ngày 14/9, ông vướng vào một cuộc đảo chính do Sieyes cầm đầu và bị cách chức, tức chỉ một thời gian ngắn sau khi Napoleon trở về từ Ai Cập và thực hiện các cuộc đảo chính vào ngày 18 và 19 tháng Brumaire năm VIII (tháng 9 - 11/1799). Một viên chức thân cận với Napoleon kêu gọi Bernadotte tự làm cuộc đảo chính để ủng hộ vị Tổng tài, nhưng ông từ chối và tuyên thệ trung thành với chính quyền[16]. Từ 1799 - 1800, ông làm việc ở các lãnh sự quán một số nước; từ tháng 4/1800 đến 18/8/1801 thì ông được cử về Vendée để giữ yên vùng đất này[18].